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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
30/12/2019 |
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Data da última atualização: |
06/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SBARDELLA, A. P.; WELLER, M. M. D. C. A.; I. FONSECA; N. B. STAFUZZA; P. A. BERNARDES; F. F. e SILVA; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; D. P. MUNARI. |
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Afiliação: |
A. P. SBARDELLA; M. M. D. C. A. WELLER; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; MARTA FONSECA MARTINS, CNPGL. |
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Título: |
Ribonucleic acid sequencing differential gene expression analysis of isolated perfused bovine udders experimentally inoculated with Streptococcus agalactiae. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Dairy Science, v. 102, n. 2, p. 1761-1767, 2019. |
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DOI: |
https://doi.org/10.3168/jds.2018-15516 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The aim of this study was to elucidate the differential gene expression in the RNA sequencing transcriptome of isolated perfused udders collected from 4 slaughtered Holstein × Zebu crossbred dairy cows experimentally inoculated with Streptococcus agalactiae. We studied 3 different statistical tools (edgeR, baySeq, and Cuffdiff 2). In summary, 2 quarters of each udder were experimentally inoculated with Strep. agalactiae and the other 2 were used as a control. Mammary tissue biopsies were collected at times 0 and 3 h after infection. The total RNA was extracted and sequenced on an Illumina HiSeq 2000 (Illumina Inc., San Diego, CA). Transcripts were assembled from the reads aligned to the bovine UMD 3.1 reference genome, and the statistical analyses were performed using the previously mentioned tools (edgeR, baySeq, and Cuffdiff 2). Finally, the identified genes were submitted to pathway enrichment analysis. A total of 1,756, 1,161, and 3,389 genes with differential gene expression were identified when using edgeR, baySeq, and Cuffdiff 2, respectively. A total of 122 genes were identified by the overlapping of the 3 methods; however, only the platelet activation presented a significantly enriched pathway. From the results, we suggest the FCER1G, GNAI2, ORAI1, and VASP genes shared among the 3 methods in this pathway for posterior biological validation. |
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Palavras-Chave: |
BaySeq; Crossbred dairy cow; Cuffdiff 2; EdgeR; RNA sequencing. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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| Registros recuperados : 10 | |
| 1. |  | RIPARDO FILHO, H. S.; PACHECO, L. C.; SOUZA FILHO, A. P. da S.; GUILHON, G. M. S. P.; ARRUDA, M. S. P.; SANTOS, L. S. Bioensaios de atividade alelopática dos esteroides espinasterol, espinasterona e glicopiranosil espinasterol. Planta daninha, Viçosa, MG, v. 30, n. 4, p. 704-712, out./dez. 2012.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 2. | | PEREIRA, S. G.; SOARES, A. M. dos S.; GUILHON, G. M. S. P.; SANTOS, L. S.; PACHECO, L. C.; SOUZA FILHO, A. P. da S. Phytotoxic potential of piperine and extracts from fruits of Piper tuberculatum Jaq. on Senna obtusifolia and Mimosa pudica plants. Allelopathy Journal, v. 38, n. 1, p. 91-102, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 3. | | PEREIRA, S. G.; PACHECO, L. C.; SILVA, I. de S.; JESUS, R. A.; GUILHON, G. M. P.; SOUZA FILHO, A. P. da S.; SANTOS, L. S. Estudo fitoquímico e alelopático dos extratos e frações de folhas e cascas de Lecythis usitata. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE QUÍMICA, 35., 2012, Águas de Lindóia. Responsabilidade, ética e progresso social: trabalhos. [São Paulo]: SBQ, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 4. | | PEREIRA, S. G.; GUILHON, G. M. S. P.; SANTOS, L. da S.; PACHECO, L. C.; CANTANHEDE FILHO, A. J.; SOUZA FILHO, A. P. da S. Fitotoxicidade da fase orgânica e do composto majoritário obtidos da polpa dos frutos de Crescentia cujete L. (Bignoniaceae). Biotemas, v. 28, n. 4, p. 51-59, dez. 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 5. | | OLIVEIRA, H. A.; OLIVEIRA, M. S.; PACHECO, L. C.; ISHIDA, A. K. N.; VENTURIERI, G. C.; SOUZA-FILHO, A. P. S.; VASCONCELOS, M. A. M.; LIMA, C. N. Efeito de extratos de geoprópolis das espécies de abelhas sem ferrão Mellipona seminigra, Mellipona flavolineata e Mellipona fasciculata sobre o crescimento de Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE QUÍMICA, 53., 2013, Natal. Química e sociedade: motores da sustentabilidade: anais. Natal: ABQ; UFRN, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 6. | | OLIVEIRA, M. S. de; OLIVEIRA, H. A. de; S. FILHO, A. P. S.; ISHIDA, A. K. N.; VASCONCELOS, M. A. M. de; VENTURIERI, G. C.; PACHECO, L. C.; AZEVEDO, T. L. de. Avaliação do efeito de substâncias presentes em frações de geoprópolis da abelha sem ferrão Scaptotrigona sp., obtidas em coluna aberta sobre o crescimento de Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae (Pereira) Dye.). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE QUÍMICA, 53., 2013, Natal. Química e sociedade: motores da sustentabilidade: anais. Natal: ABQ; UFRN, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 7. | | SANTOS, R. A. dos; ALVES, W. B. R.; MARTHINS, A. F.; PACHECO, L. C.; OLIVEIRA, M. S. de; OLIVEIRA, H. A. de; SANTOS, L. da S.; SOUZA FILHO, A. P. S. Constituintes químicos isolados de Vigna unguiculata (L.) Walp. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE QUÍMICA, 37., 2014, Natal. O papel da Química no cenário econômico atual: competitividade com responsabilidade: anais. São Paulo: Sociedade Brasileira de Química, 2014.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 8. | | RIPARDO FILHO, H. da S.; PACHECO, L. C.; ANDRADE, E. S.; RIBEIRO, W. da S.; GUILHON, G. M. S. P.; CORRÊA, M. J. C.; ROMERO, O. A. S.; SANTOS, L. S.; SOUZA FILHO, A. P. da S. Phytotoxic activity of compounds from Moutabea guianensis aubl. on Amazonian invasive species. Eclética Química, v. 40, p. 71-76, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 9. | | PACHÊCO, L. C.; RIPARDO FILHO, H. da S.; SOUZA FILHO, A. P. da S.; GUILHON, G. M. S. P.; ARRUDA, M. S. P.; PAES, S. S.; SILVA, L. O. da; SILVA, I. de S.; ANDRADE, E. da S.; LOPES JUNIOR, M. L.; SANTOS, L. S. Atividade alelopática de esteróides de Moutabea guianensis. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE QUÍMICA, 35., 2012, Águas de Lindóia. Responsabilidade, ética e progresso social: trabalhos. [São Paulo]: SBQ, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 10. | | LOPES JUNIOR, M. L.; PACHECO, L. C.; RIPARDO FILHO, H. da S.; ARAÚJO, R. N. M.; SILVA, L. O. da; PAES, S. S.; SILVA, M. N. da; GUILHON, G. M. S. P.; MARINHO, A. M. R.; SOUZA FILHO, A. P. da S.; SANTOS, L. S. Atividade alelopática e metabólitos produzidos pelo fungo endofítico Glomerella cingulata. In: REUNIAO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE QUÍMICA, 35., 2012, Águas de Lindóia. Responsabilidade, ética e progresso social: trabalhos. [São Paulo]: SBQ, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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